El PPD trabaja en a través de fases operacionales, iniciando la fase operacional 6 en 2016 que se extenderá hasta 2019. A cada fase operacional le corresponde una Estrategia Nacional de País, la cual especifica los componentes, actividades e indicadores sobre los cuales se desarrollará el trabajo durante el período. Esta fase enfocará sus recursos y esfuerzos en la región de Darién, en las zonas del Darién Central, el área del río Tuira, el área del río Sambú y parte de Panamá Este.
Los proyectos elegibles en Panamá deberán estar relacionados con los siguientes temas:
Iniciativas comunitarias para conservación de la biodiversidad
Agroecología climáticamente inteligente
Energías de bajas emisiones de carbono
Manejo ambiental de productos químicos y desechos peligrosos
