El agua es el elemento vital de nuestro planeta. La vida humana depende del agua dulce, y el clima de la Tierra y su habitabilidad depende del agua dulce y de los servicios climáticos de los océanos. Siendo que el 70 por ciento de la Tierra está cubierta por océanos y que el 60 por ciento de las tierras están ubicadas zonas transfronterizas y cuencas de aguas subterráneas, la mayoría de los sistemas de agua en la Tierra son transfronterizos y, por lo tanto, esta es la esencia del mandato del GEF en Aguas Internacionales (IW). Estos sistemas de agua, que no conocen fronteras, producen alimentos para el comercio mundial y el uso doméstico, potencian la industria y la economía, apagan la sed, y alimentan los ecosistemas que sustentan la vida. A nivel mundial, estos sistemas son usados en exceso, sufren de contaminación excesiva y de los resultados de las graves fallas en la gobernabilidad transfronteriza y nacional.
De acuerdo a la Estrategia Ambiental del PNUD, los grandes retos en esta área son: el reordenamiento territorial por cuencas, fortalecer los programas de manejo de microcuencas, aplicar el marco regulatorio, el monitoreo y control para asegurar el cumplimiento de las normas en el tratamiento de aguas residuales, desarrollar programas de ahorro a nivel nacional, domiciliar y avanzar en la internacionalización de costos ambientales por el uso del recurso hídrico.